在制藥行業的整個生產過程中，潔凈衛生是普遍的基本要求。微型蠕動泵只有軟管與流體的接觸，而軟管又符合衛生要求，并可以方便地進行快速更換。因而在生物原料藥生產、化學原料藥生產、藥劑生產等各種制藥企業中，在物料添加、半成品轉運、成品分裝等各種生產過程中，均得到廣泛的應用。

在原料藥生產合成、提取及培養過程中，蠕動泵用于各種原料、溶劑、酸、堿、消泡劑、營養液、緩沖液等的添加，并用于取樣和收集，典型應用是蠕動泵在釀制罐中的應用。當然，為了防止流體出現腐蝕的現象，選擇耐腐蝕性的蠕動泵管，增加蠕動泵的使用壽命。

在原料藥生產、純化過程中，蠕動泵可以用于向各種沉降、過濾、吸附、超濾、層析等設備供料，典型應用是蠕動泵在層析柱中的應用。在片劑、顆粒試劑的生產過程中，蠕動泵用于向各種粘合劑、包衣劑等制粒機、包衣機的添加。

在口服液、注射劑生產過程中，為了實現藥液的批量灌裝，蠕動泵研究并開發了醫藥級蠕動泵灌裝系統用于批量灌裝。不但可以手動操作，也可以配套灌裝自動生產線，并標配我們融柏的觸摸屏，讓參數及流量校正變得非常簡單。

泵不需要單向閥，具有自鎖功能，不會出現虹吸和滴落。可以根據藥劑的特性，自定義灌裝的速度和時間，在灌裝生產的同時還可以避免流體的飛濺。蠕動泵是靠壓縮軟管和自然回彈產生吸力而輸送流體的，在不使用泵的時候，盡量將泵頭壓塊提起，使泵管處于自然不受壓狀態，長時間的擠壓會加速硅膠管的變形或是破裂。